*就是亮發光桿菌在保存之前的狀態。絕大多數的菌種，保存的都應該十它的休眠體，比如說孢子或者是芽孢。而且用來保存的孢子或者是芽孢，應該采用的是新鮮的斜面上生長的非常豐滿的培養物。而菌種培養的時間和溫度都會影響到菌種的保存質量。如果說培養時間太短，那么保存的時候就容易死亡。而培養的時間如果太長，又容易使菌種的性能發生衰退。一般來說，溫度稍微低于菌種的適宜生長溫度，這樣的條件下效果是的。
第二就是菌種保存用的培養基。培養基也是菌種保存中一個重要的部分，采用的培養基碳源比例應該較少一些，營養成分也需要貧乏一些，否則的話就容易產生酸，或者使菌種的代謝活動增強，這樣會減短保存時間。而如果采用的是砂土管保存，那么則需要把砂土清洗干凈，否則這里面就會含有過多的有機物，會影響到細菌的代謝，或者會使菌種產生一些有毒物質。冷凍干燥所使用的大多數保護劑都會在加熱下分解，所以在滅菌環節要格外注意。
第三就是其他的各種因素了，比如說對冷凍干燥環節的速度，也會對菌種保存造成影響。如果速度過慢，就會導致菌種的內部形成大的冰晶，對細胞的內部結構造成損害。真空干燥的程度也會對菌種的保存造成影響。
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