青海發光桿菌的質量是影響產量的關鍵。優良的菌種，菌絲粗壯抗病，能廣泛適應多種代用栽培料，出菇早，菇形好，產量高。在選購菌種時，不但應選擇菌絲生長快、抗逆性強、出菇早、產量高、香味濃的品種，還應了解該菌種對溫度、營養、氧氣、濕度、酸堿度等條件的要求，以作為栽培管理時的參考。此外，不同的栽培季節應使用不同溫型的品種，若品種溫型與栽培季節不符，將嚴重影響平菇的產量和質量，甚至導致絕收。
菌種的特征：
（1）青海發光桿菌菌種有特殊芳香味，用手按培養基時有彈性；掰菌種時不易碎。剛剛形成少量桑葚狀的小菌蕾，菌齡25～40天，為優良菌種。
（2）從外表看，袋內菌絲全部呈棉絮白色，粗壯密集，分布均勻，沒有雜色菌絲，前端整齊，呈扇形發展。
（3）菌絲分解過的棉籽殼培養料變成黃褐色，木屑培養料變成白色至淡黃色，吃料到底，有朽木香味。
劣質菌種的特征：
（1）菌絲生長緩慢無力，不均勻、不向下蔓延，或菌絲雖長滿袋，但袋上部菌絲退掉，只剩下褐色培養料。
（2）菌絲長滿袋后，稀疏或成束發育不勻，上部出現粗的線狀菌絲索。
（3）菌絲發黃，表面產生一層菌膜（菌被），生長緩慢，表明菌種已退化。
（4）青海發光桿菌菌袋內出現褐色液體，這是老化的表現，雖然有時也能出菇，但產量很低且不易管理。凡是菌種內出現雜色斑點，暗白色、淡黃色的圓形或不規則形的顆粒狀物，或不同菌絲的抑制線，都是感染了雜菌，均應立即拋棄。
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